De très nombreux types d’habitats différents ont été identifiés, dont certains d'intérêt communautaire prioritaire comme les fourrés à pin mugho ou encore les formations arborescentes à genévrier thurifère. Mais les plus connus concernent les falaises et éboulis siliceux des étages subalpin et alpin du massif cristallin Argentera-Mercantour, habitat des espèces endémiques strictes comme la plus célèbre d'entre elles : Saxifraga florulenta.

Un habitat naturel est déterminé par :

- un climat, une roche, une altitude et un sol donnés ;
- une végétation homogène caractérisée par certaines espèces ;
- une faune représentée par des espèces qui s’y reproduisent, s’y alimentent ou s’y reposent.

Il est particuliérement reconnaissable par la physionomie et la composition de la végétation.

Comme pour tous les territoires montagneux, la végétation du Mercantour s’organise en « étages » qui correspondent à des tranches d’altitudes où règnent des conditions climatiques relativement homogènes. A l’intérieur de chacun, on distingue les versants chauds exposés au sud, les adrets, et les versants plus froids exposés au nord, les ubacs. La géologie est également déterminante.

La vie en altitude      

Avec l’altitude, les conditions de vie changent : les températures diminuent, la période d'enneigement et de froid augmente, les sols se raréfient, les radiations solaires s’intensifient… 

Au cours du temps, faune et flore se sont adaptées aux conditions climatiques contraignantes liées à l'altitude au travers d’adaptations physiques et physiologiques. Les plantes en particulier traduisent ces variations climatiques. Ainsi, en gravissant les versants d'une montagne on observe la forêt qui se transforme, diverses espèces d'arbres se succèdent, d'abord les feuillus, puis ce sont les conifères, certains comme le pin cembro résistent à l'altitude, mais à leur tour disparaissent, car la saison de végétation est trop brève. Ils sont bientôt remplacés par les pelouses alpines...

Entre 600 et 1 100 m d’altitude, l’étage collinéen dans la moitié orientale du Parc national (Roya, Bévéra, Vésubie et Tinée inférieure) présente chêne pubescent et charme houblon ou ostrya en situation fraîche, celui-ci atteint sa limite de répartition ouest dans les Alpes-Maritimes, le Var oriental. Ailleurs c'est le chêne pubescent qui reste l'espèce feuillue caractéristique de cet étage.

Au-dessus de 1 100 mètres d’altitude, c'est l'étage montagnard et le royaume de la forêt. Du fait de l'absence du hêtre sur presque la totalité du Parc national, les forêts sont dominées par les conifères. L'opposition entre adrets et ubacs est très marquée, le plus souvent, les bois de pins sylvestres en adret contrastent avec le vert sombre des forêts de sapins ou d'épicéas. Mais il y a de nombreuses exceptions et il n'est pas rare de rencontrer à cette altitude des bois de mélèzes couvrant de plus ou moins grandes surfaces forestières. Mais c'est un stade plus ou moins transitoire, car favorisé par les usages. L'observation montre cependant que de nombreux petits épicéas et sapins se développent en sous-bois qui à terme constitueront la forêt caractéristique des ubacs.

Au-dessus de 1 700 mètres d'altitude, c'est l'étage subalpin. La forêt y est moins dense et dominée par le mélèze. Il est accompagné dans la partie orientale du Parc national par l'épicéa, ou encore plus haut associé au pin cembro avec lequel il constitue de très belles forêts d'altitude aux sous-bois de rhododendron et de myrtille. Le pin sylvestre peut parfois remonter à cet étage à la faveur d'adrets escarpés. Dans la partie occidentale du Parc (Var, Verdon, Ubaye) ce sont des bois purs de mélèzes, des pins à crochets forment quelques îlots issus de reboisement.

De 2 200 à 2 400 m (et au-delà), la forêt laisse rapidement la place à la pelouse, à la lande, à l'éboulis et au rocher de l'étage alpin. A cette altitude les conditions climatiques ne permettent plus aux arbres de se développer. Cependant à l'abri de quelques barres rocheuses particulièrement bien exposées, quelques mélèzes et pins cembros peuvent encore résister jusque vers 2 500 m. Il faut remarquer toutefois que les limites forestières ne correspondent pas toujours aux limites naturelles qui ont été fortement abaissées suite aux déboisements réalisés dans le passé. Le facteur limitant à ces altitudes est la période de végétation très courte, 3 mois environ, sa briéveté explique la prédominance des plantes vivaces et la lenteur de leur développement. De nombreuses adaptations leur permettent toutefois de résister à ces conditions difficiles, la plus connue étant le nanisme, qui s'explique par l'inhibition de la croissance sous l'action conjuguée d'une luminosité intense et du froid nocturne. Mais la luminosité favorise aussi une surproduction de sucres qui, n'étant pas utilisés pour la croissance de la plante, sont à l'origine de pigments bleus, rouges et violets. On comprend pourquoi les plantes alpines sont si colorées.

Les habitats les plus remarquables du Parc national du Mercantour sont décrits dans le document suivant : Etude des habitats naturels du Parc National du Mercantour (Alpes-Maritimes et Alpes de Haute-Provence) - Partie 3 : Fiches « habitat » - CBNA, CBNMED, ONF – déc. 2014